A cooperativa ingressou com um mandado de segurança na primeira instância para não ter que pagar as contribuições sobre os valores repassados aos transportadores cooperados no período de janeiro de 1999 a 2002. Segundo o auto de fiscalização do INSS, a cooperativa estaria obrigada a efetuar o desconto de 1% em favor do Senat e de 1,5% em favor do Sest sobre os fretes realizados por transportadores cooperados pessoas físicas, mesmo após a edição da Medida Provisória (MP) 1.715/98. O INSS entendia que a cooperativa seria uma tomadora de serviços e, por captar serviços de transporte, deveria a substituição tributária em discussão.
O Sest e Senat foram criados pela Lei n. 8.706/93, o primeiro, com o objetivo de desenvolver programas nos campos de alimentação, saúde, cultura, lazer e segurança no trabalho para o trabalhador em transporte rodoviário e para o transportador autônomo; e o segundo, na preparação, treinamento, aperfeiçoamento e formação profissional. As rendas são compostas de contribuições compulsórias das empresas de transporte, calculadas sobre o montante de remuneração paga pelos estabelecimentos contribuintes a todos os seus empregados e de contribuição mensal dos transportadores autônomos. Antes, essas contribuições eram devidas ao Sesi e ao Senai.
O Sescoop, por sua vez, foi criado pela Medida Provisória 1.715/98 (atual MP 2.168-40, de agosto de 2001) com o objetivo de organizar, administrar e executar, em todo o território nacional, o ensino de formação profissional, desenvolvimento e promoção social do trabalhador em cooperativa e dos cooperados. O sistema é mantido pelas próprias cooperativas que contribuem com um valor de 2,5% sobre a folha de pagamento dos seus empregados. A Cooperativa de Transporte de Cargas do Estado de Santa Catarina (Coopercarga) alegava estar dispensada das contribuições ao Sest/Senat, antes exigida pela lei, pois só realizava operações com cooperados e não com autônomos.
O recurso no STJ visava desconstituir a decisão do Tribunal Regional Federal da 4ª Região (TRF-4) que entendeu serem indevidas as contribuições. A defesa alegava que a responsabilidade de recolhimento seria da cooperativa, pois esta estaria equiparada à condição de empresa. Segundo parecer do Ministério Público Federal, o ponto principal seria aferir se a cooperativa pode ser equiparada à tomadora de serviços dos seus cooperados, transportadores autônomos, a fim de verificar a legalidade da cobrança das contribuições. O parecer foi contrário à exigência das contribuições.
A Primeira Turma do STJ entendeu que a MP 2.168-40/01 é inequívoca em seu artigo 10 no sentido de que a contribuição ao Sescoop foi instituída em substituição às contribuições de mesma espécie devidas e recolhidas pelas sociedades cooperativas e, até 31 de dezembro de 1998, destinadas ao Senai, Sesi, Senac, Sesc, Senat, Sest e Senar. Segundo a Turma, a lei não faz nenhuma ressalva quanto à substituição das contribuições ao Sest/Senat pela contribuição ao Sescoop.
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