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De maneira simplificada, a empresa emissora de NF-e gera um arquivo eletrônico com as informações fiscais da operação comercial, que  é assinado digitalmente, de maneira a garantir a integridade dos dados e a autoria do emissor. Este arquivo eletrônico, que corresponderá à Nota Fiscal Eletrônica (NF-e), é transmitido pela Internet para a Secretaria da Fazenda de jurisdição do contribuinte que fará uma pré-validação do arquivo e devolverá um protocolo de recebimento (Autorização de Uso), sem o qual não poderá haver o trânsito da mercadoria.

A NF-e também é  transmitida para a Receita Federal, que guarda todas as NF-e emitidas (Ambiente Nacional) e, no caso de operação interestadual, para a Secretaria de Fazenda de destino da operação e Suframa, no caso de mercadorias destinadas às áreas incentivadas. As Secretarias de Fazenda e a RFB (Ambiente Nacional), disponibilizarão consulta, através Internet, para o destinatário e outros legítimos interessados, que detenham a chave de acesso do documento eletrônico.

Para acompanhar o trânsito da mercadoria é impressa uma representação gráfica simplificada da Nota Fiscal Eletrônica, a Danfe (Documento Auxiliar da Nota Fiscal Eletrônica), em papel comum, em única via, que conterá impressa, em destaque, a chave de acesso para consulta da NF-e na Internet e um código de barras bi-dimensional que facilitará a captura e a confirmação de informações da NF-e pelas unidades fiscais.

O Danfe não é nem substitui a nota fiscal, servindo como instrumento auxiliar para consulta,  pois contém a chave de acesso da NF-e, o que permite confirmar a efetiva existência da Nota eletrônica  no Ambiente Nacional (RFB) ou site da Sefaz na Internet.