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Essa questão está esclarecida no Manual da DCTFWeb. E lá diz o seguinte:

Não é possível emitir DARF com valor inferior ao mínimo estabelecido pela legislação vigente. Atualmente esse valor é R$10,00 (dez reais). Ao tentar emitir o DARF com valor abaixo do permitido, a aplicação retorna mensagem informando a impossibilidade de realizar a operação.

Assim, se uma DCTFWeb tiver saldo a pagar inferior ao valor mínimo, o contribuinte deve emitir o DARF em lote, selecionando uma ou mais declarações subsequentes até chegar à quantia mínima. Não haverá cobrança de acréscimos legais até que se possa emitir o DARF.

Nas situações em que houver pagamento parcial dos débitos da DCTFWeb, restando diferença a pagar inferior a R$10,00, é necessário primeiro ajustar o “Saldo a Pagar” exibido na Relação de Declarações. Somente depois do ajuste, o DARF em lote poderá ser emitido. Nesses casos, deve-se:
1) retificar a declaração a partir do próprio portal da DCTFWeb, clicando no botão “Retificar”, caso não exista retificadora na situação “em andamento”;
2) editar a declaração retificadora;
3) importar os pagamentos por meio da função Créditos Vinculáveis > Pagamento > Importar da RFB;
4) vincular os pagamentos, clicando em “Aplicar Vinculação Automática”;
5) conferir se o saldo a pagar apresenta somente a diferença inferior a R$10,00;
6) transmitir a DCTFWeb retificadora, após os procedimentos acima;
7) emitir o DARF em lote.

E se ficou saldo abaixo de R$ 10,00 em novembro, posso juntar com o DARF de 13º salário?
Sim, pode. Basta selecionar as duas competências e fazer a emissão em lote do DARF.